南阳卧龙岗位于今河南省南阳市中心城区西南隅，因三国时期著名的政治家、思想家、军事家——“智圣”诸葛亮躬耕于此而得名，历史上著名的“三顾茅庐”和“草庐对策”的故事就发生在这里。地因三顾，名遂千秋，南阳卧龙岗也因诸葛亮躬耕和刘备三顾而闻名天下。
诸葛亮(181-234)，字孔明，汉末山东琅琊阳都(今山东沂南)人。诸葛亮幼年丧父，建安二年(197年)，随叔父诸葛玄从徐州琅琊郡辗转到荆州投奔刘表。诸葛玄去世后，诸葛亮来到南阳卧龙岗，结草为庐，躬耕陇亩，开始了他“躬耕于南阳”的布衣生活。东汉南阳特殊的政治、经济、交通地位为诸葛亮提供了一个增进知识、观察社会、了解时势的社会环境。诸葛亮晴耕雨读、博览群书、广交士林、虚心求教，胸怀大志，自比管仲、乐毅。躬耕南阳成就了旷世奇才，未出茅庐而洞悉天下大事，被世人誉为“卧龙”。
建安十二年(207年)，一直奔波流离、寄人篱下而又思贤若渴的刘备，在徐庶的举荐下，先后三次由新野来到南阳卧龙岗拜请诸葛亮、征询兴复汉室的大计。诸葛亮为刘备的“枉驾三顾”而深深打动，在草庐中为刘备谋划了“霸业可成，汉室可兴”的治国方略。刘备如鱼得水，相见恨晚，这就是历史上著名的“草庐对”。“草庐对”内容博大精深，是诸葛亮对东汉末期政治形势高屋建瓴的分析，是诸葛亮“鞠躬尽瘁”，一生致力追求的“兴复汉室”的目标，也是蜀汉政权的政治纲领。因此，南阳卧龙岗孕育出了千古名相诸葛亮，成为三国历史的源头，在中国历史上占有重要地位。
公元234年，诸葛亮病逝五丈原。不久，蜀故将黄权就率族人在诸葛亮躬耕地南阳卧龙岗祭祀武侯。
晋代卧龙岗上形成了祭拜诸葛亮的祠庙，时称诸葛亮庵。永兴年间(304-306年)，镇南将军刘弘赴沔之阳，讨伐张昌。平定张昌后，刘弘到南阳诸葛亮躬耕地“观亮故宅”，令犍为人李兴写《祭诸葛丞相文》，并“立碣表闾”。
唐代中期，南阳卧龙岗诸葛庐已名扬天下。唐《诸葛庐碑》(赵均《金石林时地考》)载，庐“在南阳县城西南七里”。李白的《读诸葛武侯传书怀赠长安崔少府叔封昆季》诗中曰“赤伏起颓运，卧龙得孔明”；刘禹锡的《陋室铭》中云“南阳诸葛庐，西蜀子云亭”；白居易云“鱼到南阳方得水，龙飞天汉便为霖”；许浑《南阳道中》云“荒草连天风动地，不知谁学武侯耕”等。
宋金时期，卧龙岗前人题咏已很繁复。文学家邹浩作有《谒武侯道中》诗四首。宋金之交的著名诗人陈与义因金人入汴避乱江汉间，当至南阳卧龙岗，面对山河破碎，金人蹂躏，无奈写下《次南阳》诗一首。绍兴八年(1138年)，岳飞北伐途经南阳，到卧龙岗拜谒诸葛武侯，因雨夜宿武侯祠。“更深秉烛，细观壁间昔贤所赞先生文词、诗赋及祠前石刻二表，不觉泪下如雨。”抗金名将岳飞挥泪手书的前后《出师表》，成为卧龙岗书法艺术的千古绝唱。
宋末元初，祠庙遭到兵燹，殿宇大部焚毁。元大德二年(1298年)，南阳监郡马哈马拜谒武侯祠时，仅存庙堂四间，且年久失修，几为废墟。遂与少府李君源等倡议重修，命典史李从善主其事，大德四年(1300年)春竣工，“一易而新之”。中殿塑诸葛亮像，旁塑关、张从祀。特请解梁太虚观道人张志和住祠主事，割附近土地200余亩作为祭田，以为岁时香火之用。
元代至大元年(1308年)，河南行中书省平章政事何玮行农至南阳郡，倡议扩建武侯祠，并在祠东隙地建造庙学。次年春动工，皇庆元年(1312年)秋落成。建祠宇12间，庙、学46间。祠东为庙，庙后为学。祠为武候祠，庙为孔子庙，学为诸葛书院，并割官田40顷，设山长一人掌教。元延祐二年(1315年)，元仁宗钦定南阳卧龙岗古建筑为“武侯祠”，书院为“诸葛书院”。元至正十五年(1355年)，南阳知府庄某复加修葺，所有建筑，整理一新，塑像匾额，着色重绘，并加筑周垣，制祭器百余件。又于诸葛书院建东西斋房各三楹，増塑蒋琬及武侯子诸葛瞻、孙诸葛尚像，标著十将名额，使武侯祠与诸葛书院浑然一体。
明洪熙元年(1425年)，诸葛书院已荒芜破败，祠虽幸存，亦日益颓毁。知府陈正伦乃于农隙伐木命工，冬十月，建成正堂三间。宣德元年(1426年)，又与同知张永、推官司宪、南阳知县李桓圭继修，复两庑，建周垣，祠中重塑诸葛亮像，凡器用皆备，南阳武侯祠又重备大观。正统年间，知府陈悌再次修葺，中立祠堂，旁翼两庑，环以周垣，祭用之需，无不毕备。岁久又颓。成化年间、知府段坚又建堂宇，复书院，择士以教。越二十年，颓毁过半。弘治八年(1495年)，河南参政顾福分守南阳，檄知府马舆、知县李通重修。弘治十一年(1498年)四月至八月，建正堂六间，中塑侯像，左右两庑，依旧修复。正堂后为亭，覆以茅草，曰“草庐”。庐后又建堂六间，曰“卧龙祠”。祠左建堂庑各四楹，为书院。又收回原祀田四顷，以供祀事。正德元年(1506年)，唐王妃苏氏“捐内帑资财”修葺武侯祠，命承奉白震总其事，堂庑梁楹“撤而新之”。明嘉靖七年(1528年)，世宗敕赐门额“忠武”及春秋祭祀庙规。嘉靖十五年(1536年)二月，知府屠倬再次修葺，“缮故为新，增陋为美，颓朽悉易，加以宏丽”，使武侯洞面貌一新。嘉靖十八年(1539年)三月八日，世宗特遣驸马都尉邬景和来宛致祭。自此，南阳卧龙岗武侯祠地位随之倍增，规模更加壮观，明万历、崇祯年间，复有修葺。
清代，卧龙岗亦屡有修葺，规模恢宏。清顺治八年(1651年)四月，陕西河西道副使刘三元、河南布政司右参政王家揖重葺而新之，原贵州巡抚彭而述为之撰文，并勒石纪念。康熙二十一年(1682年)，南阳镇总兵柯彩捐俸修葺祠宇，对危楼加以整修，对梁栋施以彩绘，历时三月，祠貌焕然改观。康熙三十年(1691年)，河南巡抚阎兴邦、南阳知府朱璘捐俸金复建书院，中建讲堂，傍建斋舍，其后建“三顾祠”。祠祀武侯，以司马德操、徐元直配祀。康熙五十年(1711年)，知府罗景与南阳镇总兵杨铸共议扩建武侯祠，原计划于楼前隙地“积土成山，叠石成峰，设曲廊，置台榭，为南阳胜景”，并派人去城内唐王府旧址运来山石。但在施工时于地基中发现前人题咏石刻，内有“卧龙岗十景”，于是即按十景加以扩建。依先例首建草亭，谓之“茅庐”；外置小桥为“小虹桥”；亭之东稍北为“古柏亭”；自东而北为曲廊、山梯，可登高楼而远跳。楼之南自东而至西北，蜿蜒作土山，正面叠石成峰，为“梁父岩”；自西北而南而西，穿一穴为“老龙洞”，上建平台，为“半月台”；楼之东南复作一小山，依古柏置石磴，为“抱膝石”：楼之西北竹屏曲径，建草庐三间，为“野云庵”；楼之北置一田舍，为“躬耕田”；其南建小殿堂”，中塑昭烈遗像，另建书院于祠前。是年七月动工，次年八月告成，历时十四个月有余。此次大修，对后世影响很大，并奠定了今日卧龙岗武侯祠的规模。乾隆时期出现了“漫道锦官祠宇好，龙岗今日更馨香”的景象。嘉庆道光、咸丰、同治及光绪年间，知县吴堂、姚晅，知府顾嘉蘅、任恺、傅风飏皆有修葺。
民国三年(1914年)，南阳镇守使吴庆桐、南阳县知事曹慕时筹资修葺祠宇。民国十四年(1925年)，又维修部分建筑。民国二十八年(1939年)，河南省第六行政区督察专员公署(治南阳)重申豁免武侯祠祠田赋税，又责成主持道人“务使栋宇像设，花木碑刻尽复旧观”。民国二十九年(1940年)，陆军第八十五军军长王介人、河南省教育厅长鲁荡平、南阳警备司令孔仙洲、陆军独立第四十四旅第二团团长王子久各捐资百元，令住持道人张宗骞重修茅庐。民国三十四年(1945年)三月，日军犯宛，卧龙岗被守军一四三师作为外围据点，下旬，与日军发生激战，武侯祠内宁远楼南部被日本侵略军炮火击中烧毁，三顾堂北间被炸，古柏、树木多被烧死，至今碑碣壁间仍有弹痕斑斑。
新中国成立以来，党和政府历来十分重视武侯祠的保护工作，多次组织对武侯祠进行维修保护，文物景观得到了有效地保护和利用，使古老的武侯祠焕发青春，成为闻名遐迩的人文胜地。